论著
林学洋, 郎思敏, 杨玉凤, 杨晨, 崔子期, 骆媛, 王永安
目的 利用可成药全基因组的双样本孟德尔随机化方法,挖掘与特发性肺纤维化(IPF)相关的潜在药物靶基因,预测可能有效的治疗药物,为IPF治疗药物的开发提供新的研究方向。 方法 整合药物-基因相互作用数据库(DGIdb)和Finan等提供的可成药全基因组数据,获取可成药全基因组交集基因。采用双样本孟德尔随机化方法评估基因与IPF之间的因果关系。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,探讨与IPF存在因果关系的可成药基因的功能和通路富集情况;结合药物特征基因数据库(DSigDB)进一步开展药物富集分析,筛选潜在的靶向治疗药物,并利用分子虚拟对接技术评估预测药物与靶蛋白间的结合能力。 结果 基于DGIdb数据库和Finan等提供的可成药全基因组数据,共鉴定出2588个交集基因,最终通过双样本孟德尔随机化分析筛选出30个与IPF存在显著因果关系的药物靶基因(P<0.05)。其中,4个核心基因(NOD2、LATS2、LTA和TCF7L2)集中富集于与IPF密切联系的Hippo通路和TNF通路;同时,通过DSigDB数据库药物富集分析,筛选出6种潜在的IPF靶向治疗药物,分别为羟布宗、莫莱芬汀、α-N-乙酰半乳糖胺、GSK429286A、CGP74514A和JW-7-24-1;分子对接结果表明,这些药物与靶蛋白具有良好的结合亲和力。 结论 利用双样本孟德尔随机化方法分析了可成药基因与IPF的因果关系,成功鉴定了30个潜在药物靶基因,探究了4个与IPF相关通路富集的核心基因,同时预测了6种可能具有治疗作用的靶向药物,这些药物与靶蛋白具有较好的结合能力,为IPF治疗药物的开发提供了参考。